Suatu ketika, ras yang dikenal sebagai Malaikat Bayangan menyerang Bumi untuk memanen kekuatan hidup semua yang mendiami planet ini. Berkat beberapa keajaiban yang keterlaluan, Shadow Angels menjadi tidak aktif, dan umat manusia dapat hidup 12.000 tahun lagi tanpa takut akan kehadiran mereka. Tapi 11 tahun setelah bencana yang dijuluki Kejadian Suci membawa kehancuran ke Bumi, Shadow Angels bangkit dari tidur mereka dan melanjutkan serangan sekali lagi. Untuk memberi manusia sedikit kesempatan, sebuah organisasi yang dikenal sebagai DEAVA dibentuk, dan penggunaan senjata robotik bernama Aquarion telah diizinkan. Agar Aquarion memiliki kekuatan penuh, tiga pilot harus menggabungkan hati, tubuh, dan jiwa mereka menjadi satu — suatu prestasi yang hanya bisa diharapkan oleh beberapa orang. Dengan demikian, pencarian yang disebut ‘Pengguna Elemen’ diprioritaskan, berharap dapat memastikan masa depan umat manusia. Sousei no Aquarion mengikuti kisah Apollo, seorang pemuda yang hampir liar yang dibesarkan dalam kemiskinan, yang diyakini sebagai reinkarnasi pahlawan legendaris. Setelah sahabatnya diambil oleh Shadow Angels, Apollo memilih menjadi pilot Aquarion. Akankah dia bisa membalikkan keadaan perang, dan membebaskan umat manusia dari ancaman Malaikat Bayangan untuk selamanya?

Dalam kesalahan yang tidak dipikirkan, Tuhan secara tidak sengaja menjatuhkan Touya Mochizuki dengan sambaran petir! Sebagai permintaan maaf, Tuhan menawarkan satu harapan dan kesempatan untuk hidup lagi di dunia fantasi magis. Touya dengan senang hati menerima tawaran itu dan, atas satu keinginannya, meminta hanya untuk menyimpan smartphone-nya ketika dia memulai perjalanannya ke dunia misterius ini. Memulai kembali dari dunia baru ini, Touya menemukan bahwa dunia ini dipenuhi dengan sihir — yang memiliki kedekatan dengannya — dan gadis-gadis manis berlomba-lomba mencari perhatiannya. Gadis-gadis ini — si kembar Linze dan Elze Silhoueska, Yumina Urnea Belfast, Leen, dan Yae Kokonoe — memberi Touya frustrasi tanpa akhir yang romantis, tetapi juga persahabatan ketika ia menemukan rahasia dunia baru ini. [Ditulis oleh MAL Menulis Ulang]