Setelah mengalahkan Retak’ka, BoBoiBoy perlu melatih tubuhnya dan belajar memanfaatkan Kekuatan Elemental Tingkat Ketiga untuk menjaga perdamaian antargalaksi.

Sekelompok alien pemburu harta karun yang bernama The Tengkotak telah tiba di bumi dan menculik Ochobot untuk menggunakannya untuk menemukan Power Sfera kuno dan kuat yang bersembunyi di bumi. BoBoiBoy dan teman-teman supernya sekarang harus berpacu melawan waktu untuk menyelamatkan Ochobot dan mengungkap rahasia di balik Power Sfera. Perjalanan mereka akan membawa mereka pada petualangan yang penuh dengan aksi, komedi, dan keindahan lokal yang ada disana.

BoBoiBoy dan teman-temannya telah diserang oleh penjahat bernama Retak’ka yang merupakan pengguna asli kekuatan elemen BoBoiBoy. Dia berusaha untuk mengambil kembali kekuatan elemennya dari BoBoiBoy untuk menjadi orang yang paling kuat dan mendominasi galaksi. Bersama dengan teman-temannya, BoBoiBoy harus menemukan cara untuk mengalahkan Retak’ka sebelum kekuatannya jatuh ke tangan yang salah.