Setelah perang antarplanet pada awal abad ke-21, planet Bumi telah hancur, dengan sebagian besar ekosistemnya hancur total. Karena tidak mungkin lagi untuk menjalani kehidupan normal di planet ini, penghuninya terpaksa pindah ke planet lain di mana kehidupan akan, semoga, lebih nyaman. Deep Galactic Trade Organization, pemerintah totaliter yang mempengaruhi banyak planet yang baru dihuni, entah bagaimana sampai pada kesimpulan bahwa musik adalah sumber kejahatan, dan bahwa itu harus dilarang dan dihancurkan untuk kebaikan. Grup bakat AKB0048 segera dibentuk, berdasarkan anggota AKB48 asli yang pernah hidup di Bumi. Meskipun musik mereka sekarang dianggap ilegal secara universal, mereka menjadikannya sebagai misi untuk menghidupkan kembali musik mereka dengan melakukan perjalanan dari satu planet ke planet lain dan mengadakan konser sebanyak mungkin. Mereka harus menjalani serangkaian metode pelatihan baru untuk menjadi yang terbaik yang mereka bisa, sambil menghindari bahaya terus-menerus ditangkap karena musik mereka. Bergabunglah dengan bintang pop antarplanet AKB0048 saat mereka mencoba menyelamatkan dunia － dengan musik!

Haruka dan Sora Kasugano akan pulang, ke tempat yang penuh dengan kenangan. Setelah kehilangan orang tua mereka dalam kecelakaan mobil yang tragis, si kembar memutuskan untuk kembali ke pedesaan dan memulai hidup baru di rumah kakek mereka, yang selalu menjadi pengingat akan saat-saat dari masa lalu mereka. Menyambut mereka adalah teman masa kecil Nao Yorihime dan Akira Amatsume, dan pendatang baru Kazuha Migiwa. Ini adalah sambutan hangat, simbol dari hari-hari yang akan datang. Kedamaian mereka hanyalah sementara, karena emosi yang ditekan, lahir dari sumpah yang baru ditemukan dan dilupakan, mulai mengerahkan pengaruh mereka pada kehidupan baru si kembar. Dan jauh di lubuk hati, sebuah rahasia gelap, yang hanya diketahui oleh mereka, mulai terbongkar. Berdasarkan novel visual karya Sphere, Yosuga no Sora tidak hanya mengeksplorasi kekuatan ingatan yang hilang dan cinta sejati ketika ikatan banyak orang menjadi saling terkait, tetapi juga menimbulkan pertanyaan tentang moralitas dan penerimaan sosial. [Ditulis oleh MAL Menulis Ulang]