Empat belas tahun setelah Dampak Ketiga, Bumi adalah gurun pasca-apokaliptik, peradaban manusia hancur, dan orang-orang yang Shinji tahu hampir tidak dapat dikenali. Terperangkap di dalam Evangelion Unit-01, ia pulih dari ruang angkasa oleh Asuka dan Mari, hanya untuk mendapati dirinya sebagai tawanan Wille, sebuah faksi militer yang dipimpin oleh mantan pengawalnya Misato Katsuragi. Dingin dan pahit, mantan sekutunya memandangnya dengan kecurigaan dan menolak untuk mendukungnya ketika ia menerima konsekuensi dari tindakannya. Shinji yang terluka dan bingung diselamatkan dari Wille oleh Rei dan kembali ke markas Nerv. Di sana, ia bertemu dan dengan cepat berteman dengan Kaworu Nagisa yang penuh teka-teki, yang menawarkan kehangatan dan wawasan tentang keadaan perang Nerv dengan para Malaikat. Tapi jeda singkat Shinji dan Kaworu terletak pada malam pertempuran baru, di mana Shinji menemukan bahwa musuh-musuhnya bukan lagi Malaikat tetapi mantan kawan. Dalam konfrontasi pahit ini untuk menentukan masa depan dunia, Shinji akan belajar secara langsung bahwa masa lalu benar-benar tidak dapat diurungkan. [Ditulis oleh MAL Menulis Ulang]

Ketika ancaman ancaman Malaikat meningkat, kekuatan pertahanan umat manusia didorong ke batasnya, dengan Nerv di garis depan perjuangan. Shinji Ikari dan rekannya Rei Ayanami dibantu oleh dua pilot baru: Asuka Langley Shikinami yang berapi-api dan Makinami Mari Illustrious yang misterius. Dengan bantuan unit Evangelion mekanik mereka, dilengkapi dengan senjata yang sempurna untuk melibatkan lawan-lawan mereka yang mengerikan, keempat jiwa muda itu berjuang mati-matian untuk melindungi orang-orang yang mereka cintai dan mencegah kiamat yang akan datang. Tetapi ketika rahasia yang mengejutkan terungkap, akankah tantangan terbesar para pahlawan terbukti menjadi monster … atau kemanusiaan itu sendiri? [Ditulis oleh MAL Menulis Ulang]

Dalam dunia pasca-apokaliptik, pemukiman manusia terakhir yang tersisa di Jepang adalah kota Tokyo-3 yang dijaga ketat. Shinji Ikari yang berusia empat belas tahun dibawa ke markas Nerv, sebuah organisasi bawah tanah yang dipimpin oleh ayahnya yang terasing, Gendou. Dia meminta Shinji menjadi pilot “Evangelion,” sebuah android kolosal yang dibangun untuk melawan makhluk asing yang mengerikan dan destruktif yang dikenal sebagai “Malaikat” yang mendatangkan malapetaka di planet ini dan mengancam kelangsungan hidup umat manusia yang tersisa. Meskipun awalnya enggan, Shinji terombang-ambing oleh gagasan rekonsiliasi dengan ayahnya, dan setuju untuk membantu upaya berbahaya manusia terhadap ancaman aliennya, sebagai pilot Evangelion Unit-01. Dorong ke tengah-tengah medan perang yang berbahaya, Shinji harus menemukan keberanian dan tekad yang diperlukan untuk menghadapi serangan Malaikat sebelum terlambat. [Ditulis oleh MAL Menulis Ulang]