Hashiba Kyouya adalah seorang pengembang game berusia 28 tahun. Dengan perusahaannya bangkrut, dan dia kehilangan pekerjaannya, dia kembali ke kampung halamannya. Melihat kesuksesan pencipta seusianya, dia mendapati dirinya menyesali keputusan hidupnya saat dia terbaring tertekan di tempat tidurnya. Saat Kyouya bangun, dia menemukan bahwa dia telah melakukan perjalanan sepuluh tahun ke masa sebelum dia masuk perguruan tinggi. Akankah dia akhirnya bisa memperbaiki keadaan? Ini adalah kisah tentang orang gagal yang diberi kesempatan kedua untuk mengejar mimpinya. (Sumber: MU, diedit)

Grisaia no Rakuen dimulai tepat di akhir seri sebelumnya, Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji ditangkap karena dicurigai melakukan terorisme. Sebuah video yang menunjukkan bukti nyata bahwa Yuuji melakukan tindakan ini, dan dia ditahan oleh Ichigaya. Ichigaya tahu betul bahwa Yuuji tidak melakukan kejahatan yang dituduhkan padanya. Tapi dia gagal membunuh Heath Oslo, yang merupakan pemimpin organisasi teroris dengan senjata yang sangat menghancurkan yang mereka miliki. Faktanya, Ichigaya punya rencana sendiri untuk Yuuji … Tapi semua mungkin tidak kalah untuk Yuuji. Gadis-gadis di Akademi Mihama tidak akan membiarkan Yuuji digunakan untuk keuntungan politik, dan begitu pula sosok misterius baru yang muncul di hadapan mereka.

Yuuji Kazami adalah murid pindahan yang baru saja diterima di Akademi Mihama. Dia ingin menjalani kehidupan sekolah menengah biasa, tetapi mimpinya ini mungkin tidak akan terwujud dalam waktu dekat karena Akademi Mihama justru sebaliknya. Hanya terdiri dari kepala sekolah dan lima siswa lainnya, semuanya perempuan, Yuuji berkenalan dengan mereka masing-masing, mengetahui lebih banyak tentang kepribadian mereka karena sosialisasi tidak dapat dihindari. Perlahan-lahan, dia mulai belajar tentang kebenaran di balik sekelompok kecil siswa yang menduduki akademi — mereka masing-masing memiliki pengalaman traumatis yang terpisah dari dunia. Akademi Mihama bertindak sebagai rumah bagi gadis-gadis ini, mereka adalah “buah” yang jatuh dari pohon mereka dan mulai membusuk. Terserah Yuuji untuk menjadi katalisator untuk menyelamatkan mereka dari diri mereka sendiri, tapi bagaimana dia bisa menyelamatkan orang lain ketika dia bahkan tidak bisa menyelamatkan dirinya sendiri? [Ditulis oleh MAL Tulis Ulang]