Seratus tahun setelah bencana pergeseran lempeng tektonik menyebabkan sebagian besar wilayahnya tenggelam, Jepang kini berkembang sebagai negara maritim. Kota-kota yang berfungsi tinggi melapisi pantai Jepang, dan rute laut yang berkembang dengan baik dipertahankan oleh kapal angkatan laut khusus. Industri kelautan berkembang pesat, dan gadis-gadis muda sangat ingin bergabung dengan Blue Mermaids — wanita sangat terampil yang mengabdikan hidup mereka untuk melindungi laut. Setelah beberapa waktu berpisah, teman masa kecil Akeno Misaki dan Moeka China dipertemukan kembali di Sekolah Menengah Marinir Perempuan Yokosuka. Di sini mereka bergabung dengan orang lain yang berbagi impian mereka menjadi Blue Mermaids. Segera, latihan dimulai, dengan Akeno dan Moeka yang bertanggung jawab atas kapal dan awak mereka sendiri. Semuanya berjalan lancar untuk Akeno saat dia menyelesaikan perannya sebagai kapten dan membangun persahabatan antara sesama awak kapal di Harekaze, sebuah kapal perusak. Namun, kegagalan mesin dan navigasi yang tidak terduga segera membuat kapal mereka terdampar dan awaknya dalam bahaya. Armada Sekolah Menengah mengikuti kru pemberani Harakaze saat mereka menavigasi perairan berbahaya dan rintangan lain dalam pencarian mereka untuk menjadi Blue Mermaids yang sepenuhnya matang. [Ditulis oleh MAL Tulis Ulang]

Musashi yang memberontak telah dikalahkan, dan gadis-gadis dari Sekolah Menengah Laut Gadis Yokosuka sudah kembali dengan selamat ke rumah. Namun, Herakaze mengalami kerusakan kritis selama pertemuan terakhirnya dengan Musashi dan mungkin tidak dapat berlayar lagi. Selain itu, rumor menyebar bahwa kelas Harekaze akan dibubarkan karena kekurangan kapal. Upaya kelas lain untuk mencari anggota dari kru Harekaze hanya membuat situasi semakin tidak pasti. Jawaban untuk masalah yang mengerikan ini dapat ditemukan dalam perintah tertutup yang akan dikirimkan oleh sekretaris Harekaze, Kouko Nosa kepada awaknya. Tapi waktu semakin singkat … [Ditulis oleh MAL Rewrite]

Benua Atlatan sekali lagi menemukan dirinya dilahap oleh api perang setelah peristiwa mengerikan yang dikenal sebagai Tragedi Aula Besar. Apa yang seharusnya menjadi acara yang menggembirakan yang akan menciptakan kedamaian antara Serikat Fantasia dan Aliansi Pabrik, perkawinan Sir Alexis Douse dan Lady Marrine Kreische, merupakan tragedi. Ketika kedua mempelai berjalan menyusuri lorong, upacara itu tiba-tiba terganggu oleh konvergensi “Chaos,” energi gelap dari dimensi lain yang merusak tanah dan memunculkan monster dan iblis ke dunia. Dari dalam energi itu muncul Demon Lord of Diabolos, makhluk jahat yang langsung membunuh para archdukes dari kedua faksi, menghancurkan setiap harapan untuk perdamaian di antara mereka. Setelah gagal mencegah bencana ini, Siluca Meletes, seorang penyihir Aliansi, sedang melakukan perjalanan melalui pedesaan yang penuh dengan kekacauan untuk belajar di bawah seorang ahli sulap. Ketika dia dicegat oleh sekelompok tentara yang bekerja dengan Federasi, Siluca diselamatkan oleh Theo Cornaro, seorang prajurit muda yang membawa “Crest” yang misterius, sebuah simbol magis yang memberikan kemampuan lebih kepada pengguna wiringnya untuk mengusir Chaos. Tanpa mengindahkan kesetiaan pada wilayah tertentu, Theo berharap untuk mendapatkan pangkat Tuhan sehingga ia dapat membebaskan kota asalnya Sistina dari penguasa tirani dan Kekacauan yang menyebar di dalamnya. Terkesan oleh tujuannya yang mulia, Siluca menandatangani kontrak ajaib dengan Theo, dan keduanya memulai perjalanan untuk mengembalikan keseimbangan ke tanah mereka yang dilanda perang. [Ditulis oleh MAL Menulis Ulang]