“The Shepherd,” sebuah legenda urban dari Akademi Shiomi, konon muncul di hadapan para siswa yang bekerja keras untuk mengabulkan harapan mereka. Ketika sedang asyik membaca sebuah buku di dalam Perpustakaan Besar sekolah yang terkenal, Kyoutarou Kakei, seorang siswa tahun kedua dan Klub Perpustakaan de facto presiden, menerima email dari Shepherd yang meramalkan sebuah peristiwa yang akan mengubah nasibnya. Khawatir dengan pesan itu, Kyoutarou bergegas ke stasiun kereta terdekat dan bertemu dengan sesama siswa Tsugumi Shirasaki, yang ia selamatkan dari tabrakan dengan kereta yang melecehkan. Bersyukur untuk tindakan heroiknya, Tsugumi bergabung dengan Klub Perpustakaan dan mengundang Kyoutarou untuk berpartisipasi dalam “Proyek Bahagia Shiomi” -nya yang misterius. Bersama dengan anggota baru klub, mereka berupaya menjadikan akademi tempat yang lebih baik dan mengungkap identitas Gembala yang penuh teka-teki. [Ditulis oleh MAL Menulis Ulang]