Seratus tahun setelah bencana pergeseran lempeng tektonik menyebabkan sebagian besar wilayahnya tenggelam, Jepang kini berkembang sebagai negara maritim. Kota-kota yang berfungsi tinggi melapisi pantai Jepang, dan rute laut yang berkembang dengan baik dipertahankan oleh kapal angkatan laut khusus. Industri kelautan berkembang pesat, dan gadis-gadis muda sangat ingin bergabung dengan Blue Mermaids — wanita sangat terampil yang mengabdikan hidup mereka untuk melindungi laut. Setelah beberapa waktu berpisah, teman masa kecil Akeno Misaki dan Moeka China dipertemukan kembali di Sekolah Menengah Marinir Perempuan Yokosuka. Di sini mereka bergabung dengan orang lain yang berbagi impian mereka menjadi Blue Mermaids. Segera, latihan dimulai, dengan Akeno dan Moeka yang bertanggung jawab atas kapal dan awak mereka sendiri. Semuanya berjalan lancar untuk Akeno saat dia menyelesaikan perannya sebagai kapten dan membangun persahabatan antara sesama awak kapal di Harekaze, sebuah kapal perusak. Namun, kegagalan mesin dan navigasi yang tidak terduga segera membuat kapal mereka terdampar dan awaknya dalam bahaya. Armada Sekolah Menengah mengikuti kru pemberani Harakaze saat mereka menavigasi perairan berbahaya dan rintangan lain dalam pencarian mereka untuk menjadi Blue Mermaids yang sepenuhnya matang. [Ditulis oleh MAL Tulis Ulang]

Sementara menikmati keberhasilan meraih vas berharga untuk koleksinya, Yoshifumi Nitta, anggota yakuza, secara kasar terganggu ketika sebuah kapsul besar dan aneh tiba-tiba muncul dan jatuh di kepalanya. Dia membuka kapsul untuk mengungkapkan seorang gadis muda, berambut biru, yang tidak membocorkan apa pun tentang dirinya sendiri kecuali namanya — Hina — dan fakta bahwa dia memiliki kekuatan luar biasa. Seolah segalanya tidak bisa menjadi lebih buruk, dia kehilangan kendali dan melepaskan ledakan jika kekuatannya tetap tidak digunakan. Dihadapkan pada pilihan lain, Nitta mendapati dirinya menjadi pengasuhnya. Untuk membiarkan dia menggunakan kekuatannya dengan bebas, Nitta meminta Hina untuk membantu dengan kesepakatan konstruksi, yang berjalan lancar. Tapi sementara ini terjadi, kelompok yakuza saingan diam-diam menyerang bosnya. Yang mengejutkan Nitta, rekan-rekannya kemudian menyalahkan dia! Ditugasi untuk menyerang kelompok lawan sebagai pembalasan, Nitta menguatkan dirinya dan tiba di tempat persembunyian mereka. Tapi tiba-tiba, Hina tiba-tiba masuk dan membantunya memusnahkan seluruh kelompok. Ternyata, Hina mungkin hanya menjadi aset berharga bagi Nitta dan bisnis yakuza-nya, asalkan dia tidak menggunakan kekuatannya pada dirinya terlebih dahulu! Maka kehidupan aneh dari duo yang tidak biasa ini dimulai. [Ditulis oleh MAL Menulis Ulang]