Takaki Toono dan Akari Shinohara, dua teman yang sangat dekat dan teman sekelasnya, hancur berantakan ketika keluarga Akari dipindahkan ke wilayah lain di Jepang karena pekerjaan keluarganya. Meskipun terpisah, mereka terus berkomunikasi melalui surat. Ketika Takaki mengetahui bahwa keluarganya juga pindah, ia memutuskan untuk bertemu dengan Akari untuk terakhir kalinya. Seiring berlalunya tahun, mereka terus menyusuri jalan mereka sendiri, jarak mereka perlahan semakin lebar dan kontak satu sama lain memudar. Namun, mereka terus mengingat satu sama lain dan waktu yang mereka bagikan bersama, bertanya-tanya apakah mereka akan memiliki kesempatan untuk bertemu sekali lagi. [Ditulis oleh MAL Menulis Ulang]

Setelah lima tahun menyimpan perasaan yang tak terucapkan, siswa SMA Taiju Ooki akhirnya siap untuk mengakui cintanya kepada Yuzuriha Ogawa. Namun ketika Taiju memulai pengakuannya, sebuah lampu hijau yang menyilaukan menghantam Bumi dan membuat manusia ketakutan di seluruh dunia — mengubah setiap manusia menjadi batu. Beberapa milenium kemudian, Taiju terbangun untuk menemukan dunia modern sama sekali tidak ada, karena alam telah berkembang di tahun-tahun ketika umat manusia berdiri diam. Di antara dunia batu patung, Taiju bertemu dengan satu manusia hidup lainnya: teman pencinta sains Senkuu, yang telah aktif selama beberapa bulan. Taiju belajar bahwa Senkuu telah mengembangkan skema besar — ​​untuk meluncurkan kebangkitan penuh peradaban dengan sains. Otak Taiju dan Otak Senkuu bergabung untuk menjalin kemitraan yang tangguh, dan mereka segera menemukan metode untuk menghidupkan kembali mereka yang ketakutan. Namun, rencana induk Senkuu terancam ketika ideologinya ditentang oleh mereka yang bangun. Sementara itu, alasan membatu umat manusia masih belum diketahui. [Ditulis oleh MAL Menulis Ulang]